PGS.TS. Hoàng Văn Phiệt
Trưởng Phòng Hoá học các hợp chất thiên nhiên (1980 - 1985)
Giám đốc Trung tâm Hoá học các Hợp chất thiên nhiên (1985 - 1990)
Viện trưởng Viện Hoá học các hợp chất thiên nhiên (1990 - 1997)

PGS.TS. Hoàng Thanh Hương
Phó Viện trưởng Viện Hoá học các hợp chất thiên nhiên (1990 - 1997)
Viện trưởng Viện Hoá học các hợp chất thiên nhiên (1997 - 2004)

GS.VS. Châu Văn Minh
Phó Viện trưởng Viện Hoá học các hợp chất thiên nhiên (1997 - 2004)
Viện trưởng Viện Hoá học các hợp chất thiên nhiên (2004 - 2008)
Phó Chủ tịch Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam (2007 - 2008)
Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam (2008 đến nay)

GS.TS. Phạm Quốc Long
Phó Viện trưởng Viện Hoá học các hợp chất thiên nhiên (2005 - 2008)
Viện trưởng Viện Hoá học các hợp chất thiên nhiên (2008 - 2020)

PGS.TS. Phạm Thị Hồng Minh
Phó Viện trưởng Viện Hóa học các hợp chất thiên nhiên (2019 - 2020)
Viện trưởng Viện Hoá học các hợp chất thiên nhiên (2020 đến nay)

PGS.TS. Phạm Hoàng Ngọc
Phó trưởng Phòng Hóa học hợp chất thiên nhiên (1997 - 2005)
Phó Giám đốc Trung tâm Hóa học hợp chất thiên nhiên (1985 - 1990)

KS. Mai Nghi
Phó Giám đốc Trung tâm Hóa học các hợp chất thiên nhiên (1985 - 1990)

PGS.TS. Mai Văn Trì
Phó Viện trưởng Viện Hóa học các hợp chất thiên nhiên (1990 - 1995)

TS. Đào Đình Kim
Phó Viện trưởng Viện Hóa học các hợp chất thiên nhiên (1990 - 1997)

Ths. Trương tất Hiếu
Phó Viện trưởng Viện Hóa học các hợp chất thiên nhiên (1998 - 2010)

GS.TS. Lê Mai Hương
Phó Viện trưởng Viện Hóa học các hợp chất thiên nhiên (2005 - 2013)

TS. Lê Tất Thành
Phó Viện trưởng Viện Hóa học các hợp chất thiên nhiên (2016 - 2021)

GS.TS. Nguyễn Mạnh Cường
Phó Viện trưởng Viện Hóa học các hợp chất thiên nhiên (2010 - 2023)

PGS.TS. Đỗ Hữu Nghị
Phó Viện trưởng Viện Hóa học các hợp chất thiên nhiên (2022 đến nay)

PGS.TS. Phạm Minh Quân
Phó Viện trưởng Viện Hóa học các hợp chất thiên nhiên (2022 đến nay)